fișiere în format GFF

anterior ◈ următoarea

Prezentare generală

tehnologii din noua generație de secventiere apariția a făcut sarcina de decodare a genomului de mai simple și mai accesibile. Există programe care urmează să fie identificate în secvența de nucleotide care rezultă dintr-un anumit organism astfel de elemente funcționale, cum ar fi gene, exoni, introni, codoni start și stop, motive, situsuri de îmbinare, etc. Și formatul GFF este adesea folosit pentru stocarea unor astfel de caracteristici ale genomului.







Fișier în format GFF - un fișier text, în cazul în care fiecare element al genomului funcțional este dat de o linie; fiecare rând cuprinde nouă câmpuri, separate prin file. O astfel de structură de fișiere permite să recupereze rapid și ușor datele necesare și să le prelucreze prin mijloace, cum ar fi bash (de exemplu, comanda grep, sortare, etc), script-uri simple awk și perl.

Aici este un exemplu de fișier în format GFF:

Structura de fișier în format GFF

  • seqname - numele de secvență, de obicei, este un identificator al secvenței, care se află în fișierul FASTA inclus. iar numărul de acces într-o bază de date, cum ar fi, de exemplu, EMBL / GenBank / DDBJ, pentru a căuta secvența;
  • sursa - determinarea caracteristicilor sursă, care poate fi un program sau o bază de date, sau testarea experimentală;
  • caracteristică - denumirea tipului, caietul de sarcini, exemple de tipuri de specificații standard sunt "CDS", "start_codon" (codonul start), "stop_codon" (codonul de stop), "exon" (exon);
  • start - poziția de pornire număr caracteristic în secvența, prima bază este numerotată 1;
  • end - numărul poziției finale în secvența de caracteristici;
  • scor - scor 0 la 1000; în acest caz. atunci când nici o evaluare (de exemplu, pentru un senzor care pur și simplu înregistrarea prezenței posibile a semnalului) utilizează notația „“
  • strand - valoarea admisă pentru a desemna lanțuri „+“, „-“, acesta din urmă este indicată atunci când lanțul nu aparține uneia dintre primele două tipuri. "; în al doilea format versiunea GFF2. „“ Este folosit pentru a se referi la un lanț de ARN sau proteine;
  • frame - poate primi valorile valide '0', '1', '2', '' „0“ care indică prezența respectivei porțiuni de secvență în interiorul cadrului de citire, adică, că porțiunea sa de bază mai întâi corespunde primei baze de codon; „1“ indică prezența unei baze suplimentare, și anume porțiunea menționată a doua bază corespunde primei baze de codon; „2“ înseamnă că a treia porțiune de bază corespunde primei baze de codon; '' Este indicat în descrierea complot nu poate fi atribuit la primele trei cazuri; în al doilea format versiunea GFF2. „“ Este utilizat pentru lanțul de ARN sau proteine;
  • grup - câmp opțional utilizat pentru a grupa seturi de intrări individuale sub un singur nume; de exemplu, gruppirovktstsyycha introni și exoni în predicția unei anumite gene (sau structura genei dovedite experimental).

Un exemplu de acest fișier:

Opțiuni pentru utilizarea GFF

  • Metode de testare pentru identificarea secvenței elementelor funcționale;
  • Reprezentarea găsită într-un experiment de caracteristici genomului in format GFF. Aceste „experimentale“ GFF fișiere pot fi utile pentru verificarea prezisă folosind elemente genomului bioinformatice;
  • Căutarea de elemente funcționale noi, mai complexe ale genomului folosind multiple GFF fișiere care conțin diferite caracteristici ale secvenței;
  • GFF este un format simplu și standardizat fișier, care poate fi alimentat la intrarea multe programe care lucreaza cu gene.

Programele care utilizează formatul GFF:

versiune GFF

Există două versiune utilizate în mod obișnuit de formatul de fișier GFF:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html caracteristică generală Format Versiunea 2 (Sanger Institute)]
  • [Www.sequenceontology.org/gff3.shtml Feature Generic Format versiunea 3 (Sequence Ontologie Project)]

[Gmod.org/wiki/GFF2 GFF Versiunea 2] are mai multe dezavantaje, în special, poate fi doar două niveluri ierarhie de caracteristici, și, prin urmare, nu pot face față cu trei nivele de tip ierarhie transcrierii genei → → exon. [Gmod.org/wiki/GFF3 GFF Version 3] elimina aceste și alte dezavantaje, deoarece susține orice număr de niveluri de ierarhie. Format [mblab.wustl.edu/GTF22.html Gene format de transfer] (GTF) este o rafinare a doua versiune GFF2, și, uneori denumite GFF2.5. Primele 8 câmpuri sunt aceleași ca și în GFF, și în loc de grup câmp stocat atribut. care include două atribute obligatorii:

• Valoarea gene_id - un identificator unic pentru o transcriere locus genomic; dacă nu este specificat, atunci nu există nici o genă, care sunt asociate cu caracteristici specifice;

• Valoarea transcript_id - un identificator unic pentru transcrierea prezis; în cazul în care nu este specificat, atunci nu există nici o transcriere asociat cu caracteristicile descrise.

Aceste atribute sunt concepute pentru a gestiona mai multe transcrieri și aceeași regiune a genomului.

Conversia GFF2 în GFF3

Există mai multe servere, care permite de a transfera un fișier de la GFF2 în format GFF3. Cu toate acestea, fiecare dintre ele un pic diferit interpretează datele brute în fișierul GFF2, ceea ce creează probleme în timpul conversiei și limitează posibilitatea de utilizare a acestora.







Iată câteva puncte, ceea ce permite orice convertor:

  • Tip caracteristică (tip de date), în al treilea domeniu, dacă GFF2 conține Secvență ontologie (SO) în coloana a treia, atunci acestea ar trebui să fie în nici un fel adăuga la formatul de traducere GFF3;
  • Grupa / Atribute (Grupul / atribute) în coloana 9: o mulțime de mici diferențe.

Mai jos este o listă a unora dintre aceste servere care efectuează conversia în GFF2 GFF3:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/act/ ACT]
  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ Artemis]
  • [Gmod.org/wiki/GFF3#GFF_in_GMOD GMOD]

Scrie un comentariu despre articolul „GFF File Format“

literatură

  • [Www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3848729/pdf/1756-0381-6-15.pdf gff2sequence, un instrument prietenos nou utilizator pentru generarea de secvențe genomice]
  • genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3
  • www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html
  • www.sequenceontology.org/gff3.shtml
  • gmod.org/wiki/GFF2
  • gmod.org/wiki/GFF3
  • mblab.wustl.edu/GTF22.html
  • www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html

Pasajul care descrie GFF format de fișier

- Și ce? - a spus Pierre, cu surprindere uitat la excitare ciudat de prietenul său și a observat aspectul că a renunțat la obtinerea Natasha.
- Trebuie să, trebuie să vorbesc cu tine, - a spus printul Andrew. - Știi că mănușile femeile noastre (a fost vorbind despre mănuși masonice, care au fost date fratele nou-ales să prezinte cel iubit). - Eu ... Nu, o să vorbesc cu tine după ... - Și cu o sclipire ciudată în ochi și de anxietate în mișcările sale, Prințul Andrew a urcat la Natasha și se așeză lângă ea. Pierre a văzut că prințul Andrew îi ceruse, iar ea a răspuns el roșind.
Dar, în acest moment Berg a venit la Pierre, el a pledat cu tărie să ia parte la disputa între general și colonelul a afacerilor spaniole.
Berg a fost mulțumit și fericit. Zâmbet bucuria nu a părăsit niciodată fața lui. Seara a fost foarte bună și chiar la fel ca și alte seara, că a văzut. Totul a fost ca. Și doamnelor, conversații delicate, și hărți, și hărți ale generalului, a ridicat vocea, și samovar, și cookie-urile; dar încă lipsește, ceea ce a văzut întotdeauna în seara, pe care dorea să le imite.
A lipsit o conversație tare între bărbați și disputa cu privire la ceva important și inteligent. General a început această conversație și să-l că Berg a atras Pierre.


A doua zi, Prințul Andrew a mers la cina Rostovs, așa cum sa numit Graf Ilia Andreich, și au petrecut toată ziua.
Totul în casa simțit pentru cineva a condus prințul Andrew, și el nu a ascuns, a încercat toată ziua să fie cu Natasha. Nu numai în sufletul lui Natasha speriat, dar fericit și entuziast, dar în toată casa am simțit frica de ceea ce este important, având să aibă loc. Ochii contesă trist și serios stricte la Prince Andrew ca el a vorbit cu Natasha și sfios a început, și simulat un fel de conversație banală imediat ce se uita la ea. Sonya a fost frică să plece Natasha și frică de a fi o pacoste, atunci când ea a fost cu ei. Natasha păli de teama de așteptare, când a rămas un minut cu el față în față. Prințul Andrew a lovit-o cu timiditatea lui. Ea a simțit că trebuie să spună ceva ei, dar el nu a putut decide cu privire la aceasta.
Când Prințul Andrew a mers în seara, contesa a urcat la Natasha și a spus în șoaptă:
- Și ce?
- Mamă, pentru numele lui Dumnezeu nu mă întrebați astăzi. Este imposibil de spus, - a spus Natasha.
Dar, în ciuda faptului, că seara, Natasha, apoi excitat, apoi speriat, se oprește cu ochii culcat în pat pentru o lungă perioadă de timp mama. Ea ia spus cum a lăudat, așa cum a spus că va merge în străinătate, ceea ce a dorit, în care vor trăi în această vară, apoi a întrebat-o despre Boris.
- Dar asta, asta ... cu mine a nu sa întâmplat niciodată! - a spus ea. - Numai când mi-e frică că, eu sunt mereu speriat când, ce înseamnă? Deci, este acum, nu-i așa? Mamă, dormi?
- Nu, draga mea, eu sunt foarte speriat, - a răspuns mama. - Du-te.
- Oricum, nu voi dormi. Ce prostii în pat? Mamasha, mama, cu mine acest lucru nu sa întâmplat niciodată! - a spus ea cu surprindere și spaima în fața sentimentul că ea era conștientă de el însuși. - Și dacă am putea gândi ...!
Natasha părea că, chiar și atunci când a văzut prima Printul Andrew la Break, ea a căzut în dragoste cu el. Este ca o sperietoare care ciudată fericire, neașteptat că bărbatul pe care ea a ales atunci (ea a fost ferm convins de acest lucru) că același lucru din nou acum cunoscut-o, și, se pare, nu este indiferentă față de ea. „Și el a avut intenționat, acum că suntem aici, vin la St. Petersburg. Și a fost necesar pentru a ne întâlni la acea minge. Totul este soarta. Este clar că aceasta este soarta ca toate acestea au fost efectuate la acest lucru. Chiar și atunci, imediat ce l-am văzut, am simțit că ceva special. "
- Ce ți-a spus să-ți încă? Care sunt aceste versete care? Uite ... - a spus gânditoare mama ei, întrebat despre versetele care Printul Andrew Natasha a scris în album.
- Mamă, nu este o rușine că el este văduv?
- Destul, Natasha. Roagă-te lui Dumnezeu. Les Marieiages se font dans les cieux. [Căsătoriile sunt în cer.]
- Draga mea, mama, eu te iubesc așa cum mă simt bine! - strigă Natasha, lacrimi plângând de fericire și de emoție și îmbrățișarea mama lui.
În același timp, prințul Andrew stătea cu Pierre și spunându-i despre dragostea lui pentru Natasha și intenția fermă luate să se căsătorească cu ea.

In acea zi Contesa Elena Bortă a fost o fugă, a fost ambasadorul francez, a fost Prince, care a devenit recent un vizitator frecvent la casa contesei, și o mulțime de femei frumoase și bărbați. Pierre era jos, a mers prin holurile și au lovit pe toți oaspeții cu concentrația și distrași sumbru.
Pierre de când mingea a simțit în demersul său se potrivește de ipohondria, si cu un efort disperat încearcă să lupte împotriva lor. Deoarece convergența Prințului cu soția sa, Pierre a fost acordat în mod neașteptat la cameristul, și din acel moment a început să se simtă gravitatea și rușinea într-o societate mare, și de multe ori a început să vină gânduri sumbre mai devreme despre vanitatea tuturor oamenilor. În același timp, au observat sentimentul dintre ele protejate Natasha și prințul Andrew, contradistincție său între poziția sa și poziția prietenului său, întărește, de asemenea, această stare de spirit sumbru. Este la fel încearcă să evite gândesc la soția sa și despre Natasha și prințul Andrew. Din nou, tot ce părea nesemnificativ în comparație cu eternitatea, din nou, este întrebarea: „ce?“. Și se zile și nopți se sili să lucreze la lucrările masonice, în speranța de a îndepărta abordarea unui duh rău. Pierre la ora 12 a ieșit din camerele de contesa, am fost așezat la partea de sus în, camera de joasă-tavan plin de fum într-o haină uzată înainte de masă și rescrie actele Scotch originale, atunci când cineva a intrat în camera lui. A fost printul Andrew.
- Oh, ești tu, - a spus Pierre cu o difuză și neplăcere. - Dar eu sunt de lucru pe, - a spus el, arătând spre notebook-ul cu tipul de salvare din mizeria vieții cu care oamenii nefericiti uita la munca lor.
Printul Andrew cu un radiant, entuziast și reînnoit de viață la nivelul feței și sa oprit în fața lui Pierre, fără să observe fața tristă, cu egoism avere a zâmbit pe el.
- Ei bine, draga mea, - a spus el - am vrut să-ți spun ieri, iar acum a sosit pentru tine. N-am experimentat așa ceva. Sunt îndrăgostit, prietene.
Pierre brusc a oftat și a căzut cu corpul său greu pe canapea lângă Prince Andrew.
- În Natasha Rostova, nu-i asa? - a spus el.
- Da, da, cui? Mi-ar fi crezut niciodată, dar sentimentul este mai puternic decât mine. Ieri am suferit, a suferit, dar chinul pe care nu voi renunța pentru nimic în lume. N-am trăit înainte. Acum numai eu, dar eu nu pot trăi fără ea. Dar, dacă ar putea să mă iubească? ... Sunt prea bătrân pentru ea ... Ce nu spui? ...







anterior ◈ următoarea